Как это часто случается у «Ламборгини», название «Murciélago» пошло из корриды. Во время боя в 1879 году на арене Кордовы, легендарно известный бык Murciélago (исп. Летучая мышь) остался стоять после 24 ударов мечом матадора. Потрясённый матадор сохранил жизнь быку — достаточно редкое явление. Позднее этот бык был приобретён селекционером Доном Антонио Миура и положил начало одной из пород боевых быков.

К моменту, как компания Audi стала владельцем «Ламборгини», уже был практически готов наследник модели Lamborghini Diablo, дизайном которого занималась фирма Zagato. Автомобиль планировалось назвать 'Canto', но проект не был одобрен Фердинандом Пихом (Ferdinand Piëch), новым управляющим компании, и он потребовал переделки. Пих также пригласил к участию в проекте дизайнерский отдел Audi и итальянскую компанию Bertone. Дизайн компании Zagato был забракован снова, аналогичная участь постигла и проект компании Bertone. Таким образом, для новой модели был выбран дизайн, предложенный дизайнером Audi, Люком Донкервольком (Luc Donckerwolcke). По сравнению с Lamborghini Diablo, длина автомобиля уменьшилась, но пространство для пассажиров увеличилось на 40 мм в высоту и 25 мм в ширину.

В автомобиле используется двигатель Lamborghini V12 объёмом 6,2 литра. Мощность двигателя — 580 л.с. (426 кВт) при 7500 об/мин. Такая мощность была достигнута благодаря новой электронной системе управления длиной впускного тракта и регулируемой фазе газораспределения. Впервые в истории фирмы в базовую модель была включена шестиступенчатая коробка передач.

Автомобиль появился в продаже в 2001 году по цене примерно $205000.

В 2005 году появилась экстремальная версия — Lamborghini Murcielago LP640,мощность двигателя — 640 л.с